Kui pärast Vabadussõda loodi Veterinaaria Instituudi baasil Tartu Ülikooli loomaarstiteaduskond, jätkas korp! Fraternitas Dorpatensis tegevust Tartu Ülikooli juures, ometi säilisid ka iseseisvusajal korporatsioonis valitsenud saksa keel ja saksa meel. Selline õhkkond muutus eesti rahvusest looma-arstiteaduskonna üliõpilastele väljakannatamatuks ja pärast edutult lõppenud sisemist võimuvõitlust astus osa tegevliikmeid ja rebased in corpore korp! Fraternitas Dorpatensisest välja. Kuus väljaastunud tegevliiget ning neli noorliiget otsustasid asutada loomaarstiteaduskonna juurde uue eesti korporatsiooni, mille nimeks pandi korp! Fraternitas Tartuensis. Värvideks valiti roheline-valge-violett ja lipukirjaks pidevas töös tõe valguses elurõõmsalt tulevikku!
Korp! Fraternitas Tartuensis registreeriti Tartu Ülikooli Valitsuse juures 27. märtsil 1929 ja seda kuupäeva peamegi me oma sünnipäevaks. Uue korp! asutamisele järgnes Fraternitas Dorpatensise hääbumine, mis pidi 1932.a. oma tegevuse lõpetama. Meie liikmeskond kasvas seevastu üsna jõudsalt. Lisaks üliõpilastele astus vilistlastena liikmeteks palju praktiseerivaid loomaarste ja loomaarstiteaduskonna õppejõude. 1931.a. asutati korp! Vilistlaskogu ning alates 1933. aastast, mil hakati vastu võtma ka teiste teaduskondade üliõpilasi, lõppes meie organisatsiooni “veterinaariaajastu”. Eriti soodsat mõju avaldas korp! Fraternitas Tartuensise arengule 1934.a. üüritud uus konvendikorter Raekoja platsil nn Barclay de Tolly maja teisel korrusel (praegu asub seal Tartu Kunstimuuseum). 29. märtsil 1936 sõlmiti sõprusleping Helsingi ülikooli juures tegutseva Kymenlaakson Osakunta’ga, 1937.a. võeti korp! Fraternitas Tartuensis vastu EKL-i kaheksandaks liikmeks. 1940.a. kuulus meie korp! tegevkonventi 60 tegevliiget, 28 üliõpilasvilistlast ja 18 noorliiget, Vilistlaskogus oli liikmeid üle 80.
Pärast Eesti Vabariigi okupeerimist 1940.a. suvel likvideeriti punavõimude käsul ka korp! Fraternitas Tartuensis. Esimese Nõukogude ja Saksa oku-patsiooni ajal jätkus Eestis tegevus “põranda all”. Läände suundunud fraterid Tartuensised jätkasid pärast sõda tegevust paguluses, kus moodustati korp! Fraternitas Tartuensise Rootsi (Euroopa), Põhja-Ameerika ja Austraalia koondised. 11. septembril 1965 sõlmiti Sydney’s sõprusleping läti korp! Fraternitas Lettica’ga. Auvil! Jaak Kuke initsiatiivil anti väliskoondiste poolt välja tähisteosed Fraternitas Tartuensis I-V. Üldse valiti paguluses auvilistlasteks 10 liiget.Initsiatiiv korp! Fraternitas Tartuensise tegevuse taastamiseks Eestis lähtus jällegi veterinaariaüliõpilastelt. Ettevalmistusi selleks hakati juba 1988. aasta sügisel, mil loodi sidemed Eestis elavate vilistlastega ja väliskoondistega. Korp! Fraternitas Tartuensis registreeriti Eesti Põllumajanduse Akadeemia Õpetatud Nõukogu juures 3. märtsil 1989. Taasasutajateks oli viis EPA ja kuus T(R)Ü tudengit, kellele vilistlased andsid värvid sama aasta 29. aprillil. Koos tegevkonvendiga hakkas kodumaal uuest tegutsema ka Vilistlaskogu.
Taasasutamisele järgnes ka sidemete taastamine soome ja läti sõprusorganisatsioonidega. Kymenlaakson Osakunta’ga sõlmiti uus sõprusleping 24. veebruaril 1990 ja korp! Fraternitas Lettica’ga 6. aprillil 1991, mõlemad Tartus. Kui algul oli meie liikmete hulgas kõige rohkem loomaarstiteadust õppivaid tudengeid, siis aja jooksul kaldus kaalukauss jällegi Tartu Ülikooli üliõpilaste kasuks. Seetõttu registreeriti korp! Fraternitas Tartuensis 1996.a. EPMÜ juurest ümber TÜ juurde.
Alates 1990. aastast asus konvendikorter Tartus omapärases ja romantilises puumajas Jakobi mäel, mis oli meeleolukaks koosviibimiskohaks kõigile frater tartuensistele ja paljudele külalistele. Seejärel koliti aadressile Vallikraavi 19. Aastast 2008 aga tegutseme püsivalt oma ruumides Jaani 20.
Uue aastatuhande algul laienes korporatsiooni aktiivne tegevus ka Tallinnasse. Esimestel aastatel toimusid kokkusaamised restoranide sakstekambrites ja vilistlaste pool, kes toetasid tärkavat toimetamist nõu ja jõuga. Seejärel tegutseti püsivamalt Tallinna Tudengimajas ja Roosikrantsi 8b keldris. Praegusel hetkel on konvendi-korter taas Tartu Tudengimajas Raekoja Platsil. Aastate jooksul on Tallinna koondise liikmeskond stabiilselt kasvanud ning pakub nüüd olulist toetavat rolli kogu korporatsiooni tegevusele.
Kuigi korp! Fraternitas Tartuensis on liikmeskonna arvult praegu üks väiksemaid korporatsioone, loeme me ise seda pigem oma vennaskonna vooruseks. Erinevalt ehk mõnest suuremast üliõpilasühingust võib julgelt väita, et kõik meie liikmed tunnevad üksteist rohkem kui vaid nägu- ja nimepidi; meie hulgast võib leida vägagi mitmekülgseid ja huvitavaid isiksusi ning senini pole kordagi olnud kuulda, et korp! Fraternitas Tartuensises oleks kellelgi kunagi igav hakanud.